La Iglesia, ubicada en la Plaza de los Presos, presenta la majestuosidad de una Iglesia Mayor, realizada en sillería, a mitad de camino entre el gótico y el renacimiento.
Construida sobre los cimientos de una mezquita, se consagró el 4 de abril de 1482. Es el único templo parroquial puramente gótico que se levantó en la diócesis de Granada, ya que en la mayoría de las ocasiones se utilizó el mudéjar para la construcción de las iglesias parroquiales.
La consagración de la Iglesia de Nuestra Señora de la Encarnación, hasta entonces Mezquita Mayor de Alhama, tiene un gran significado histórico, ya que fue el desencadenante de la Guerra de Granada, fue la consagración de esta iglesia lo que llevó al Papa Sixto IV, que hasta entonces se había mantenido observante en la Reconquista emprendida por los Reyes Católicos, a declarar oficialmente la Guerra de Granada y mostrar su apoyo a los soberanos en su campaña por devolver España a los cristianos.
Su consagración fue ordenada por la Reina Isabel la Católica y llevada a cabo el 30 de abril de 1482 por el gran cardenal de España, Pedro de Mendoza, acompañado del Rey Fernando el católico.
Intervinieron en su construcción desde el primer cuarto del siglo XVI, los arquitectos Bernardo Ximénez, Enrique Egas, Rodrigo Hernández, Diego de Siloé y Juan de Maeda, que construyeron un edificio cuya estructura conoce dos fases claras.
La más antigua, que comprende los dos tramos más próximos a la cabecera y la más tardía, que corresponde a los pies de la iglesia. Ello se deja ver a través de ciertos elementos góticos, renacentistas, barrocos y neoclásicos.
En su interior cuenta con una sola nave de gótico florido cubierta por tres bóvedas nervadas, al igual que la cúpula del altar mayor. Asimismo, de un coro de estilo renacentista sustentando por columnas de piedra jónicas y tres arcos rebajados. La sacristía de este templo y su casa rectoral están unidas por un arco que da lugar a otra de las imágenes típicas de Alhama al estar separadas por la calle Baja Iglesia. A ambos lados se localizan sendas ventanas enmarcadas exteriormente por molduras en las jambas y el dintel. Cuenta con dos portadas laterales siendo de estilo gótico florido la que da a la casa rectoral y a la que se le añadió una segunda portada con elementos barrocos y neoclásicos. La segunda da a la calle Alta Iglesia y es de estilo neoclásico con esquema de columnas toscanas.
En su interior esta iglesia alberga un importante legado monumental y artístico del que destacamos su púlpito, pieza poligonal única y singular de estilo gótico-mudéjar, una Inmaculada de madera que sigue los cánones de Alonso Cano y otra de la escuela de los Mora; un retablo barroco en mármol rojo, un Sagrado Corazón y la Virgen del Rosario de Domingo Sánchez Mesa y varias obras pictóricas: Descendimiento de Cristo (s. XVIII), la Adoración de los Pastores y un lienzo del Cristo sin rostro, de estilo tenebrista, procedentes del antiguo convento del Carmen y atribuido a Alonso Cano.
